Najverovatnije se na njenom mestu nalazio mesdžid (islamska bogomolja bez minareta), sagrađen oko 1575. godine. Tadašnji naziv bio je Čohadži-džamija, po zadužbinaru Hadži-Aliji. Današnji izgled potiče iz druge polovine XVII veka iz vremena sultana Sulejmana II. Tokom austrijske vladavine Beogradom, u periodu od 1717. do 1739. godine, pretvorena je u katoličku crkvu. Obnovio ju je 1741. godine Husein-beg, pa je jedno vreme nosila naziv Husein-begova džamija. Današnji naziv, Bajrakli džamija, dobija krajem XVIII veka po barjaku koji je označavao početak molitve.

Predstavlja jednoprostornu kubičnu građevinu sa kupolom i minaretom. Građena je od kamena i opeke. Ima kvadratnu osnovu, a osmostranu kupolu nose potkupolni lukovi i niše. Minaret se nalazi sa severozapadne strane. Unutrašnjost je prilično skromna, sa retkim floralnim i geometrizovanim motivima i kaligrafskim natpisima stihova na neomalterisanim zidovima. U dvorištu se nalazi česma i medresa (verska škola).

Nakon obnove u XIX veku postala je glavna gradska džamija. Oštećena je tokom demonstracija u Beogradu zbog nemira na Kosovu i Metohiji 2004. godine.

Vladimir Lukić

dipl. istoričar