Po morfologiji, pećina predstavlja horizontalan podzemni oblik karstnog reljefa sa kanalima u tri etaže. Iz nje periodično ističe reka. Srednji ili Glavni kanal ima dužinu od 1940 m a u pojedinim delovima dostiže visinu od 20 m. Od njega se odvaja više kanala i celina:

• Južni kanal dužine 166 m iz kojeg periodično ističe voda
• Izvorski kanal dužine 35 m sa manjim jezerom i sifonskim izvorom i ponorima
• Ponorski kanal dužine 388 m
• Severni kanal dužine 254 m
• Sifonski kanal čije metričke i hidrološke odlike nisu poznate.

Gornji ili nivo suvih kanala obuhvata nekoliko manjih kanala:

• Isočni kanal dužine 40 m
• Visoki kanal dužine 455 m (Urušen kanal, Visoki kanal, Uski kanal, Dvorana blokova)
• Suvi kanal dužine 761 m koji predstavlja napušteni nivo pećinske reke
• Jugozapadni kanal dužine 132 m
• Severni kanal dužine 441 m koji se sastoji od Kanala sa kristalima, Dvorane kristala, Kanala sa blokovima i Meandarskog kanala.

Najniži nivo ili Ponorski kanal je stalno potopljeni nivo kraške izdani sa gravitacionim kretanjem vode.

Prva istraživanja obavio je S. Milojević (1933,1938) koji je tada pećinu pominjao pod imenom Velika Pešćer, a kasnije u vremenskom periodu od 1957. do 1977. istraživanja sprovodi D. Petrović kada su otkriveni novi pećinski kanali. Prvi put je zaštićena 1974. godine pod imenom „Bogovinska pećina“ na predlog Republičkog zavoda za zaštitu prirode.

Kroz Glavni kanal u dužini od 540 m uređena je staza za posetioce, koja međutim nije osvetljena te je obilazak moguć uz pratnju vodiča. Uređeni deo pećine čine 4 dvorane: Koncertna, Rudarska, Hajdučka i Dvorana kiklopa. U pećini živi veoma interesantna fauna kavernikolnih zglavkara. Izdvaja se pseudoškorpija, kopneni endemski račić i suptroglofilni insekt.