S obzirom na pedološku podlogu, ovde nema površinskih voda i zemljište je veoma podložno eroziji. Flora ovog rezervata još uvek nije detaljno ispitana. Do sada je zabeleženo 85 biljnih taksona. Specifični položaj rezervata najbolje odgovara jeli (Abies alba) koja je dominantna vrsta u rezervatu i predstavlja ostatak nekadašnjih šuma jele i smrče na Pešteru i zato je ovde i uspostavljena zaštita. Smrča (Picea abies) javlja se na mestima sa većom osvetljenošću. Tu su i neke endemske i reliktne biljne vrste, poput zapadno-ilirsko-severozapadno.skadarsko-pindskog  endemita Knautia csikii koji raste na okolnim livadama.

Za vreme ledenog doba Pešter kao i Dinarske planine bile su zahvaćene glacijacijom i uz to nastanjene biljnim vrstama  koje su tu rasle i pre glacijacije. Neke od tih reliktnih vrsta održale su se na ovom prostoru, poput Ostria carpinifolia i Viola silvestris. Neke od biljnih vrsta sa Gutavice su zaštićene Pravilnikom o proglašenju i zaštiti zaštićenih i strogo zaštićenih divljih vrsta biljaka, životinja i gljiva, poput: Lilium martagon, Alyssum montanum, Daphne blagayana, Gentiana acaulis, Neottia nidus-avis itd.

Primarna šumska vegetacija Pešterske visoravni je uništena u cilju osnivanja pašnjaka što je dovelo  do povećane erozije i povećanja klimatskih ekstrema. Međutim unutar rezervata šumski ekosistem je u znatoj meri očuvan što doprinosi predeonoj raznolikosti.