Istorija banje počinje još u davnoj prošlosti. Na osnovu arheoloških istraživanja, otkriveno je da je u banji i njenoj okolini postojalo malo naselje u praistoriji. Tragovi materijalne kulture (urne, keramike, kameni čekić) potvrđuju da je prostor današnje Niške Banje bio naseljen još u bronzano doba, kasnije i tokom gvozdenog doba. Banja procvat doživljava za vreme Rimljana, kada je ovde boravio rimski car Konstantin Veliki (274 - 337.). Grad Niš, u doba Rimljana Naissus, predstavljao je važan administrativni centar, te su Rimljani tada veliku pažnju posvećivali uređenju banja i kaptiranju lekovitih izvora. Izgradili su kupatilo u II veku kao i nekoliko prostorija. Grad i banja su više puta rušeni tokom napada Huna, Avara, Slovenaca, Turaka, Mađara, Austrijanaca i Nemaca. Intezivniji razvoj banje počinje posle Prvog svetskog rata. Međutim, nastaje zastoj tokom Drugog svetskog rata, kada su i banja i sam grad pretrpeli teška razaranja. U periodu posle ratne obnove Niš izrasta u moderan grad, kao i banja koju počinje da naseljava sve veći broj ljudi.

Banja ima tri izvora lekovite vode: Glavni izvor, Suva banja i Školska česma. Takođe, lekovite vode blage prirodne radioaktivnosti pronađene su u nekoliko bunara i naslagama bigra. Interesantna je činjenica da radioaktivni bigar, kakav postoji u Niškoj Banji, se veoma retko javlja u prirodi. Služi za pripremanje lekovitog peloida koji se koristi za lečenje reumatičnih bolesti.

Glavni izvor je jedan od najizdašnijih izvora u Srbiji, koji daje 35-40 l/s vode. Temperatura vode je od 38,2° do 38,9°C i spada u radioaktivne homeoterme.

Suva Banja je drugi po značaju izvor koji daje 14-42 l/s vode. Temperatura varira od 12°C do 37°C. Pripada radioaktivnim hipotermama koje odlikuje znatna promenljivost temperature, izdašnosti i radioaktivnosti.

Školska česma je jedan od najradioaktivnijih izvora u Srbiji. Temperatura vode se kreće od 17°C do 19°C, a izdašnost oko 2,5 l/s. Radiokativnost dostiže 36,36 - 54,70 M, te se koristi samo za lečenje pijenjem. Pripada radioaktivnim hipotermama, sa znatnim sadržajem kalcijuma, magnezijuma, hidrokarbonata, oksida aluminijuma, oksida gvožđa i silicijum-dioksida.

Medicinske indikacije:

• bolesti lokomotornog aparata
• oboljenja respiratornih organa
• neurološka oboljenja
• bolesti metabolizma
• kardiovaskularne bolesti
• ginekološka oboljenja.

Lečenje se obavlja u Institutu „Niška banja“ koja je zdravstvena, naučno-nastavna i istraživačka ustanova opremljena savremenim medicinskim aparatima za dijagnostiku i lečenje u oblasti neinvazivne kardiološke dijagnostike, reumatologije i ortopedijske hirurgije. Medicinski tretmani koji se primenjuju su: hidroterapija, kineziterapija, elektroterapija i paloidoterapija.

Banja je udaljena 9 km od Niša i 220 km od Beograda. Tu je i međunarodni aerodrom „Konstantin Veliki“ udaljen 14 km. Okolina banje poznata je po velikom broju kulturno-istorijskih i prirodnih spomenika, poput Ćele kula, Medijana, Niška tvrđava, Čegar, Jelašnička klisura, Sićevačka klisura i Memorijalni muzej-logor „Crveni krst“.