Prvi koji nosi naziv Donja pećina i drugi koji se nalazi na višem terenu, skriven u šumi i nosi naziv Gornja pećina. Ukupna dužina kanala je 580 m.

Ulaz za turiste je uređen iz Donje pećine. On ima oblik trougla, a u produžetku vodi staza dužine 414 m. Posle ulaza nastaje Koncertna dvorana - najveća prostorija dužine 27 m, širine 22 m i visine 20 m. Na tavanici su probijena dva otvora tako da dvorana ima dnevno svetlo. Pored nje tu su i  Medveđa dvorana, Aždajino jezero, Dvorana  slepih miševa i Dvorana ambisa. U pećini izvire rečica Banja, stalni tok pećine. Mnoge endemske vrste žive u njoj, poput stonoga i zrikavca kao i slepi miševi. Otvor Gornje pećine je zatvoren.

Prva istraživanja obavio je Jovan Cvijić 1893. i 1911. godine kada je dao prikaz dimenzija pojedinih delova pećine, šematski plan Gonje pećine i način postanka. Kasnije su vršena detaljnija speleološka istraživanja i 1979. godine počeli su radovi na uređenju pećine. Ispred ulaza u pećinu 1997. godine otkriven je arheološki lokalitet kasnoneolitskog naselja u kome su pronađeni potpuno očuvani hlebna peć i vertikalni tkački razboj, kao i više od 20.000 pokretnih nalaza. Danas se zaštićena Zakonom kao spomenik prirode.

U blizini pećine smeštena je istraživačka stanica Petnica koja organizuje razne seminare za učenike, studente i stručnjake. Pored učionica  koje su opremljene savremenom tehnikom, Petnica raspolaže i sa oko 100 mesta za smeštaj saradnika kao i restoranom.