Babička gora pripada Rodopskom planinskom sistemu, te su ovde najzastupljenije šumske zajednice hrasta i bukve. Međutim usled degradacije podignute su veštačke sastojine javora, bagrema, crnog i belog bora, kao i voćnjaci i njive. Sladunovo-cerove šume se najviše javljaju oko manastira. Bukove šume se nalaze na širem području, a veštački podignute sastojine ima na više lokaliteta. Livada i njiva ima takođe na pojedinim delovima planine. Terenskim istraživanjima utvrđeno je prisustvo 175 biljnih vrsta, od kojih je 11 retkih i nalaze se na “Preliminarnoj Crvenoj listi flore Srbije”. Sedam vrsta orhideja su obuhvaćene konvencijom o međunarodnoj trgovini ugroženih vrsta divlje flore i faune (CITES).

Fauna vodozemaca i gmizavaca ispitivana je 1908. godine kada je zabeleženo 6 vrsta vodozemaca i 4 vrsta gmizavaca. U okolini manastira Sv. Jovan zabeleženo je nekoliko jedinki žutotrbnog mukača, na ostalim mestima velika mladi smuk, zidni gušter, zelembać, kornjača, zelena krastava žaba, daždevnjak itd. Faunu ptica čini 91 vrsta i 11 vrsta sisara. Smatra se da je broj prisutnih vrsta ptica veći, pogotovo gnezdarica. Fauna ptica: jastreb osičar, jastreb kokošar, obična zeba, batokljun, koonpljarka, čižak, zelentarka, divlji golub, sivi soko, prepelica, grlica, gugutka, ćuk itd. Od sisara ovde žive: zec, veverica, sivi puh, lisica, vuk, medved, kuna belica, jazavac, divlja svinja, divlja mačka, crna.

Manastiri i njihova okolina zaštićeni su 1989. godine. Podignuti su u vreme turske vlasti, tačnije krajem 15. i početkom 16.veka. Međutim široj javnosti su manje poznati usled manje pisanih izvora i do skoro odsustva asfaltne saobraćajnice. U granicama prirodnog dobra nalazi se arheološki lokalitet “Gradište” još uvek nedovoljno istraživan kao i nekoliko vodenica.