Ceo kompleks manastira nalazi se u klisuri reke Mileševke, u jugozapadnom delu Srbije, koja sama po sebi predstavlja atrakciju. Do manastira se dolazi putem Prijepolje - Sjenica preko kojeg se ide ka magistralnom putu koji vodu ka moru. Širi pojam za ovo područje je Stari Vlah i Raška, planinska regija koju odlikuju različite nadmorske visine i ekološki uslovi. Primarna vegetacija ovog prostora su šume koje su vremenom iskrčene radi zemljoradnje i stočarstva. Sama klisura duga je oko 10 km i zaštićena je kao Specijalni prirodni rezervat „Klisura reke Mileševke“. Prostor oko manastira je uglavnom prekriven šumom, a ostalo čine poljoprivredne površine. Vegetacija je vremenom izmenjena te  je treba posebno zaštititi.

Raznovrsna vegetacija oko manastira i u klisuri predstavljena je različitim vrstama drveća. U najnižem pojasu razvile su se šume vrba i topola. Brdoviti predeli zauzimaju hrastovi (kitnjak, grab, cer, grabić) u pojasu od 400 do 1000 m nadmorske visine. Iznad njih je pojas bukovih šuma koje sve više zauzimaju stanište hrastova usled prekomerne seče hrastovih šuma.

Fauna ovog prostora je izuzetno raznovrsna što je uslovljeno raznolikošću staništa. Najbrojnija je fauna koja naseljava šumu: kraljić, vuga zlatka, obična grlica, lisica, puh, jastreb, veverica, srna, kuna zlatica i dr.  Faunu livada čini veliki broj vrsta sitnih mišolikih glodara – miševa i voluharica, dok se od gmizavaca javlja šumska kornjača, šumski gušter, slepić, šarka, poskok itd.

Odlukom SO Prijepolje 1990. godine zaštićen prostor oko manastira je zaštićen na površini od 289,68 ha. U okviru njega nalazi se sam manastir i tvrđava Mileševac koja je najverovatnije podignuta početkom 13. veka.