Površina zaštićenog područja je 4.726 ha, od čega je 3.017 ha, u državnoj, a 1.709 ha u privatnoj i drugim oblicima svojine. Ovaj prostor čine 2 celine: Mužljanski rit, površine 2062 ha i Carska bara (Stari Begej sa vlažnim područjem, Botoški, Farkaždinski i Mali rit - Fidricka), površine 2664 ha, koje se međusobno ne graniče.

Na području Rezervata utvrđena su tri režima zaštite, I, II i III stepena.

Režim zaštite I stepena, površine 670 ha (14,18% područja), obuhvata:

1) Botoški rit, površine 60 ha

2) Tiganjica, površine 120 ha

3) Carska bara - Vojtina mlaka, površine 256 ha

4) Meandri Starog Begeja, površine 25 ha

5) Perleska bara, površine 209 ha.

Režim zaštite II stepena, površine 1.910 ha (40,41% područja), obuhvata:

1) Slatine i pašnjaci Mužljanskog rita, površine 1.026 ha

2) Mužljanski rit - Lujza, površine 416 ha

3) Tršćaci Botoškog rita, površine 69 ha

4) Šume uz Stari Begej, površine 115 ha

5) Velika greda, površine 196 ha

6) Mala greda, površine 21 ha

7) Svračica, površine 67 ha.

Režim zaštite III stepena, površine 2.146 ha (45,41% područja), obuhvata preostali deo zaštićenog područja, i to: Traktor baru, nasip uz Begej sa okruženjem, Begej sa pojasom na njegovoj levoj obali i delovima desne obale, deo Starog Begeja od 15. do 14. rečnog kilometra, izletište sa pristaništem, Fidričku - Mali rit, Farkaždinski rit, mrežu kanala sa Sifon kanalom, ribnjake za proizvodnju mladi i plantaže euroameričke topole u Mužljanskom ritu.

Bogat biljni svet Rezervata čine 500 taksona viših biljaka od kojih je 30 vrsta zaštićeno na nacionalnom i međunarodnom nivou (gorocvet, Sadlerov različak, slatinska palamida, vitki kantarion, dremovac, raznorotka, žuti lokvanj, beli lokvanj, barska paprat i dr.).

Faunu životinja čini oko 150 vrsta insekata, 20 vrsta riba, od kojih su 2 vrste strogo zaštićene (gavčica i čikov), 10 vrsta vodozemaca, od kojih su 7 vrsta strogo zaštićene (mali i veliki mrmoljak, crvenotrbi mukač, obična krastača, zelena krastača, gatalinka, obična češnjarka) i 7 vrsta gmizavaca, sa 4 strogo zaštićene vrste (barska kornjača, eskulapov smuk, belouška, ribarica), 239 vrsta ptica, od kojih su 207 strogo zaštićene vrste, 15 vrsta su globalno ugrožene (mali vranac, patka njorka, orao belorepan, ridovrata guska, mala guska, crni orao, prdavac i dr.), 31 vrsta sisara od kojih su 8 strogo zaštićene vrste (vodena rovčica, barski ljiljak, šiljouhi večernjak, patuljasti miš, tekunica, vidra, hermelin i divlja mačka).

Kao posebno retka vrsta ističe se vidra, divlja mačka i tekunica koje su veoma retke i spadaju u red ugroženih vrsta Evrope. Zbog svih ovih prirodnih vrednosti Rezervat je upisan na listu Ramsarskih područja i uključen je još i u IBA i IPA projekat i pod zaštitom je UNESCO-a.

Ovaj jedinstveni prostor vredi posetiti i uživati u netaknutoj prirodi. Za turiste postoje uređene 2 staze, Staza zdravlja i Eko staza, mogući su izleti brodom, bird watching sa vodičem, foto safari, ribolov i vožnja bicikle po nasipu.