Dolina Pčinje nalazi se u jugoistočnom delu Srbije, preciznije – ona obuhvata podgorinu planine Kozjak i planine Starac, kao i dolinu reke Pčinje koja razdvaja pomenute dve planine. Zaštićen prostor pripada opštini Bujanovac. S obzirom na lokaciju, može se zaključiti da se predeo izuzetnih odlika nalazi na granici između dve klime – kontinentalne i mediteranske. Zahvaljujući svom položaju dolina ima karakteristike oba tipa klima što uslovljava pojavu raznovrsnog živog sveta, koje daje dodatni značaj pomenutom prostoru i pojačava njegovu atraktivnost. Reka Pčinja pripada slivu Egejskog mora.

Glavni predstavnici flore zaštićenog prostora su polidominantne šume i šikare hrastova, koji se ovde javljaju u vidu više vrsta, a najzastupljenije su medunac, cera, sladun, grabić. Takođe, ima i crnog jasena, crvene kleke, mečje leske. Osim pomenutih vrsta, nalaze se i mnogo druge među kojima su najbrojniji predstavnici relikta iz tercijara.

Fauna, takođe, na ovom prostoru ima povoljnih uslova za raznovrsnost. Kratkonogi gušter jedan je od prestavnika faune, kome se pridružuju i grčki gušter, stepski smuk, daurska lasta. Stanovnici predela izuzetnih odlika su i jastreb kokošar i kratkoprsti kobac, kao i mnogo druge vrste.

Prostor je proglašen IBA (Important Bird Area) područjem čime se ističe da je reč o značajnom prostoru za ptice, a takođe i IPA (Important Plant Area) područjem, značajnim prostorom kada je o biljkama reč.

Dolina Pčinje, osim reprezentativnih predstavnika raznovsnog biljnog i životinjskog sveta, važna je i kada je reč o kulturno-istorijskim vrednostima iz kojih se kao glavni predstavnik izdvaja spomenik kulture od izuzetnog značaja – manastir Sveti Prohor Pčinjski koji datira iz XI veka. Kada se područje može vrednovati i sa prirodnog i sa kuluturno-istorijskog aspekta, njegova vrednost dodatno raste, te je stavljanje tog područja pod zaštitu višestruko opravdano.