Rezervat čini kompleks močvarnih, vodenih, livadskih i šumskih plavnih staništa sa brojnim životnim zajednicama, funkcionalno povezanih u integralnu celinu.

Područje Specijalnog rezervata prostire se na 5895 ha, i čine ga 2 prostorne celine: Koviljski rit, površine 4.484 ha, uz desnu obalu Dunava i Petrovaradinski rit, površine 1.411 ha, uz levu obalu Dunava. Rit se nalazi na teritoriji opština Novi Sad, Titel, Sremski Karlovci i Inđija, od čega je 4.062 ha u državnoj svojini, 1.027 ha u svojini Srpske pravoslavne crkve i 806 ha u privatnoj i drugim oblicima svojine.

Na području Rezervata utvrđena su tri režima zaštite, I, II i III stepena.

Režim zaštite I stepena, površine 373 ha (6 % područja) obuhvata sledeće površine:

1) Bare na Kurjačkoj gredi - Patrijaršijska tonja, površine 29 ha

2) Šume na Varošanskoj adi, površine 44 ha

3) Krndija, površine 13 ha

4) Kozjak, površine 199 ha

5) Bara Barka, površine 19 ha

6) Zatonja, površine 70 ha.

Režim zaštite II stepena, površine 1738 ha (29 % područja) obuhvata sledeće površine:

1) Dobrovača - sever, površine 3 ha

2) Ostrva na Dunavcu, površine 18 ha

3) Boktarska mlaka, površine 20 ha

4) Paljevina, površine 26 ha

5) Vlaška zatoka, površine 3 ha

6) Bara Venecija, površine 19 ha

7) Hrastovi, površine 17 ha

8) Kurjačka greda, površine 109 ha

9) Karlovački Dunavac, površine 15 ha

10) Topolova greda, površine 56 ha

11) Tuk, površine 30 ha

12) Varoška ada, površine 154 ha

13) Šlajz 2, površine 46 ha

14) Carski sprud i Stari Dunavac

15) Agla u panjevima, površine 16 ha

16) Burence, površine 7 ha

17) Kozjak, površine 141 ha

18) Stari Dunavac, površine 30 ha

19) Aleksina bara, površine 10 ha

20) Jelenska greda, površine 47 ha

21) Priliva Arkanj, površine 68 ha

22) Okruglica, površine 42 ha

23) Rljačka agla, površine 62 ha

24) Široka bara, površine 59 ha

25) Majur, površine 161 ha

26) Vlažna staništa na Krčedinskoj adi, površine 478 ha.

Režim zaštite III stepena, površine 3784 ha (65 % područja Rezervata), obuhvata preostali deo zaštićenog područja koji nije obuhvaćen režimom zaštite I i II stepena.

Zbog svojih izuzetnih prirodnih vrednosti Koviljsko-petrovaradinski rit je 1989. godine proglašen za IBA područje, 2004. godine uvršten je u spisak zaštićenih područja zavisnih od vode i značajnih za Dunav – ICPDR, i 2005. godine proglašen za IPA područje.

Zahvaljujući nenarušenoj sredini i idealnim uslovima, ovde se razvio brojan životinjski i biljni svet. Oko 70 % Rezervata je po šumama (šume hrasta lužnjaka, jasena i veza, šume crne i bele topole, šume bele vrbe). Zabeleženo je 443 taksona viših biljaka, od toga veliki broj endema i relikata i 37 vrsta zaštićenih na nacionalnom i međunarodnom nivou.

Faunu Koviljsko-petrovaradinskog rita čine 42 vrste insekata, 26 vrsta riba (šaran, kečiga, štuka, som, peš, mrena, čikov, gavčica, balkanski vijun, balavac, mali vretenar itd), 11 vrsta vodozemaca, 7 vrsta gmizavaca, 206 vrsta ptica (crna roda, bela roda, crna lunja, mrka čaplja, liska, mali detlić, šumska sova, zelena žuna itd), a od sisara veći broj retkih i ugroženih vrsta, kao što su vodena i močvarna rovčica, vidra, divlja mačka, kuna, belica.