Obnova manastira otpočela je u XVI veku, a glavna crkva je podignuta već 1556. godine. U Tronoši se osniva prepisivačka radionica u kojoj su se prepisivale bogoslužbene knjige i za susedne manastire. Krajem XVII veka ponovo strada i tom prilikom ostaje bez krova. U crkvi je 1797. godine pohađao školu Vuk Stefanović Karađić.

Manastir Tronoša je imao značajnu ulogu u borbi Srba protiv Osmanlija tokom Kočine krajine, Prvog i Drugog srpskog ustanka. Današnja crkva potiče iz 1834. godine. Sagrađena u raškom stilu kao jednobrodna građevina. Freske su oslikali Mihailo Konstantinović iz Bitolja i Nikola Janković iz Ohrida, dok je ikonostas delo Nikole Jankovića iz 1834. godine.

Manastir je poslednji put stradao u Drugom svetskom ratu. Za česmu koja se nalazi ispred manastira narodno predanje smatra da su je podigli braća Jugovići pre polaska u Kosovski boj. Nad njoj je 1962. godine podignuta kapela Svetog velikomučenika Pantelejmona. Danas se u okviru manastirskog kompleksa nalaze i konak, trpezarija, i muzej sa stalnom postavkom o školovanju Vuka Stefanovića Karadžića.

Vladimir Lukić

dipl. istoričar