Ulaz u pećinu – Veliki pešter nalazi se u selu Kopajkošare do kojeg vodi makadamski put, a tu su još i ulaz Samar i Žljebura. Do ova dva može se doći jedino terenskim vozilom i pešaka. Ulaz čini veliki otvor ispred kojeg se nalazi kameni most izbušen sa tri manja vigleda.

Pećinu čine dva nivoa prohodnih kanala i jedan stalno potoljen nivo. Kanali su povezani odsecima i kraćim jamskim kanalima. Sistem izgrađuju dva podzemna toka ponornica Sudveka i Žljebure, koje se u podzemlju spajaju i čine jedinstveni tok koji se javlja na vrelu Ripalo. Na osnovu opštih odlika pećine, može se izdvojiti dva nivoa: savremeni genetski nivo i paleo genetski nivo. U savremenom genetskom nivou voda ponornica se kreće gravitaciono površinskim rečnim tokovima. Glavni rečni kanal je kanal ponornice Sudveka dugačak 1.931 m kroz koji stalno teče pećinski izvor i još nekoliko bočnih povremenih. Visine je 4 - 6 m i širine 3 - 6 m. Dalje se nastavlja na Obilazni i Pregrađeni kanal dužine 39 i 51 m. Zanimljiva pojava ascedentnog izdizanja nivoa podzemnih voda zastupljena je na Ulaznom kanalu ispred vrelskog sifona. U nivou stalno zalivenih kanala ističe se viseći vrelski sifon visine 23 m,  kao i pojava pećinskog izvora i poniranje Sudveka duž glavnog kanala.

Paleo genetski nivo se sastoji iz Visećeg kanala sa dvoranom (111 m), Salivnog kanala (14 m), Sistema paralelnih visećih kanala (87 m), Bočnog kanala kod Samara (57 m), Visećeg ponorskog sistema Žljebure (204 m), Kanala sa jezerom (600 m), Milutinovog kanala (194 m), Kanala sa paleontološkim nalazima (30 m), Kanala kod vodopada (82 m), Ulazne dvorane (65 m), Kanal u meandru (16 m), Sistem kanala u dva nivoa (50 m), Viseći meandar (20 m), Kratki kanal (8 m), Mačkin tunel (40 m) i Bočni kanal (40 m).

Fauna pećine nije dovoljno poznata i uz to do sada nije bila predmet većih istraživanja. Do sada je otkriveno 20 vrsta artropodske faune. Tu spadaju kosci, krpeljiizopode, gujini češljevi, tvrdokrilci, pravokrilci i pećinski zrikavci. Jedna vrsta gujinog češlja je nova za nauku – Haasea ognjenovici. Faunu slepih miševa čini 5 vrsta: veliki potkovičar, mali potkovičar, dugokrili ljiljak, dugoprsti večernjak i mali mišouhi večernjak.

Tek u drugoj polovini 20. veka pećina postaje predmet obimnijih istraživanja. Na osnovu predloga Zavoda za zaštitu i naučno proučavanje prirodnih retkosti NR Srbije, pećina Samar sa prerastom je od 1955. godine nalazi pod zaštitom kao Spomenik prirode. Površina zaštićenog prostora je 56,50 ha, od čega je 21,74 u privatnom vlasništvu a 34,76 ha u državnom. Sačuvani tragovi fluvijalnog zasipanja sa specifičnim uslovima sedimentacije u visećim delovima sistema čine ovaj pećinski sistem retkim i specifičnim koji još uvek nije otvoren za turiste. Ovaj spomenik prirode svrstan je u 1. kategoriju zaštićenog područja od nacionalnog, odnosno izuzetnog značaja, radi očuvanja geoloških, geomorfoloških, hidrografskih, hidrogeografskih i bioloških vrednosti tunelskog pećinskog sistema i kraške jame. Ulazak u ledenicu radi naučnih istraživanja bez pismene saglasnosti i pratnje upravljača je zabranjen.