Pećina po nastanku spada u izvorski tip, nastala od ponornica u Drežničkoj dolini koje kasnije izviru iz pećine i vrela, odakle počinje pećinska reka Petnica. Dužina uređenog dela za posetioce iznosi 555 m, dok se predpostavlja da je njena ukupna dužina od 8 – 10 km. Etažnog rasporeda, sastoji se iz dva pećinska kanala – Gornje pećine (starija) i Donje pećine (mlađa). Urušavanjem razdvojne kostrukcije, došlo je do spajanja i nastanka sadašnjeg ulaznog kanala koji je zajednički za obe pećinske celine. Dužina ulaznog kanala je 55 m i po njegovom dnu teče pećinska reka koja potiče iz pećinskog jezera u Donjoj pećini.

Prisutno je bogatstvo pećinskog nakita u vidu draperja, stalaktita, stalagmita, stubova. Danas, u pećini obitava kolonija slepih miševa, dok se na osnovu arheološih ostataka pretpostavlja da je bila stanište ljudi u neolitu. Pronađeni su ostaci keramike, obađeni jelenski rogovi i kremeno oruđe. Njena udaljenost od Beograda je 190 km, a od Užica 14 km. Pećina je od 1984. godine otvorena za turističke posete. Prvi istraživači Potpećke pećine bili su poznati srpski naučnici Jovan Žujović i Jovan Cvijić.