S obzirom da je Rtanj krečnjačka planina, zone vrtača javljaju se u južnom delu planine, na mestu Pakleša, na površi Baba, u predelu Skoka i severno od sela Vrmdže. Obično imaju dubinu oko 20 - 30 m. Takođe na severnim i južnim padinama zapažene su škrape kao i uvala na površi Baba dužine 1.200 m. Od podzemnih speleoloških objekata, na planini je istraženo 2 pećine i 10 jama. Po obodu planine javljaju se mineralni izvori od kojih su najpoznatiji oni u Sokobanji i selu Jošanica.

Istražiivanjem planine bavili su se brojni naučnici tokom poslednja dva veka. Prva pisana zapažanja datiraju iz 19. veka, dok krajem istog veka počinju sistematska istraživanja od strane J.Cvijića, B.Petkovića i drugih. Prva istraživanja flore Rtanja obavljena su od strane Josifa Pančića, poznatog srpskog botaničara. Rezultate svojih istraživanja objavio je u svojoj knjizi „Flora Kneževine Srbije“ (1879) i „Dodatak za Floru Kneževine Srbije“ (1884). Proučavanjem šumske vegetacije bavio se Branislav Jovanović koji je opisao veći broj šumskih fitocenoza, a kao reliktnu izdvojio mešovitu zajednicu bukve i jele. Podnožje planine bogato je šumama i šibljacima hrastovih pojasa. Na vlažnijim padinama razvijene su mezofilnije bukove i bukovo-jelove šume. U prelaznoj zoni javljaju se kitnjakove šume. Staništa šibljaka su posebno razvijena, a najzastupljeniji su šibljaci jorgovana. Degradirane padine planine su pretvorene u livade i pašnjake. Tako da florističko bogatstvo Rtnja čine 644 taksona što čini oko 17 % ukupnog broja vrsta u Srbiji. Poseban značaj ima Ramonda serbica, endemit Balkanskog poluostrva, i Nepeta rtanjensis kao jedini lokalitet u Srbiji. Lekovito bilje je od posebnog značaja.

Planinu karakteriše prisustvo 89 vrsta ptica, a gotovo polovina se vode kao strogo zaštićene. Prve podatke o njima objavio je Metvejev 1948. godine. Ovde žive: belka, sivi soko, suri orao, poljska jarebica, prepelica, poljska ševa, kos, pupavac, mišar, šumska sova, crvendać, zeba, plava senica, grlica, svraka, siva vrana itd. Fauna sisara nije detaljno proučavana. Sporadični podaci ukazuju na 28 vrsta: jež, krtica, šumska rovčica, zec, veverica, lasica, kuna belica, zlatica, jazavac, divlja mačka, ris itd.

Pisani podaci govore da se na ovom području smenjivalo više razičitih naroda, te je i utvrđeno nekoliko lokaliteta: Trapovi – praistorijsko naselje sa bronzanim i gvozdenim inventarom, lokalitet Bare gde je pronađena bogata ostava sa 49 bronzanih  predmeta, srednjovekovno utvrđenje Vrmdža, više sakralnih objekata, objekti narodnog graditeljstva, spomenici  NOB-a kao iKapela-vidikovac na vrhu planine na 1.570 m koji je podigla Greta Minh u pomen svom suprugu Julijusu Minhu 1934. godine.

Do Rtnja vode više pravaca: magistralni put Paraćin - Zaječar i iz Sokobanje putem ka Boljevcu.